1、在市内各级定点医疗机构住院的，实行出院直补制。即患者入院时需向定点医疗机构提供身份证（户籍证明）、户口薄、医疗证，并向医院足额交付押金，患者出院时，由医院新农合工作人员按新农合有关规定进行审核、计算出应予补偿金额，并由就诊医院先垫付给患者。市、县、乡定点医疗机构报新农合管理中心审核，新农合管理中心审核后直接向市、县、乡定点医疗机构拨付补偿款。

2、参合农民到市域外住院就医（或市域外转诊）须到县级新农合管理登记备案。市外就医应选择当地新农合管理机构指定的医院（或公立医院），并于出院后１个月内（特殊情况不应超过3个月）由本人或亲属持住院收费专用发票、住院费用清单、诊断证明、出院证、入院证、住院病历复印件、身份证（户籍证明）、医疗证、户口簿、外出治疗介绍信到县级新农合管理中心办理补偿手续，跨年度者不能超过次年的2月底，逾期不予补偿。